Diferente dos aparelhos ortodônticos convencionais, o tratamento com Invisalign é feito com o uso de alinhadores personalizados. Essas moldeiras são produzidas com um material confortável e tão transparente que quase não é notado. Respeitado o planejamento feito, cada moldeira costuma ser utilizada por uma ou duas semanas.
Para garantir eficácia, é necessário que seja utilizada por aproximadamente 22 horas por dia. Passado o tempo de uso previsto para cada uma das moldeiras, vão sendo substituídas pelo próximo alinhador. As moldeiras são fabricadas de forma seqüencial, para que os dentes sejam movimentados de acordo com o previsto pelo dentista.
Além de ser praticamente invisível, por ser removível é possível retirar o aparelho durante as refeições ou em alguma ocasião especial. O invisalign permite uma melhor higiene, já que pode ser retirado para melhor escovação. Cada vez que o paciente vai até o consultório odontológico, recebe jogos de moldeiras, para dar sequência ao tratamento. São necessárias visitas ao dentista a cada seis ou oito semanas, para monitoração dos progressos.